Binnen TKI Watertechnologie werkt een breed consortium aan de ontwikkeling en het beschikbaar maken van DNA-technieken voor het monitoren van biodiversiteit. Het toepassen van de meest recente ‘High Throughput’ DNA-technieken is een veelbelovende methodiek, vooral in watermilieus. Het consortium koppelt DNA- en veldkennis aan elkaar, met het uiteindelijke doel de techniek toepasbaar te maken voor de monitoringsverplichtingen van de waterbeheerder.
Op mondiaal (VN: Convention on Biological Diversity) en Europees niveau (Biodiversity Strategy to 2020) staat het behoud van biodiversiteit hoog op de (politieke) agenda’s. In Nederland hebben we te maken met wet- en regelgeving zoals de Europese Kaderrichtlijn Water (KRW) en Natura 2000, en de Flora- en faunawet, die het behoud van biodiversiteit moet garanderen. In het kader hiervan vinden tal van natuurinventarisaties plaats. De inventarisaties en determinaties worden uitgevoerd aan de hand van morfologische kenmerken, al dan niet met behulp van microscopie. Deze klassieke methodieken vergen specialistische kennis, zijn arbeidsintensief, tijdrovend en daardoor duur. Bovendien laten resultaten lang op zich wachten. DNA-technieken kunnen kosten reduceren en sneller resultaten genereren.
Naturalis TKI-partner
In april 2014 zijn de kenniscentra KWR Watercycle Research Institute, Naturalis Biodiversity Center, Hogeschool Leiden en Stichting EIS, en de adviesbureaus Royal HaskoningDHV en Koeman & Bijkerk en DNA-technologiebedrijf BaseClear gestart met een TKI-project om veldkennis aan DNA-resultaten te koppelen. Dat werkt op 2 manieren verrijkend: het opsporen en determineren van de diersoorten en planten zorgt voor de uitbreiding van de DNA-referentiedatabase, die essentieel is om aangetroffen DNA te kunnen herleiden tot specifieke soortnamen. Omgekeerd kan het gebruik van DNA-resultaten hydrobiologisch analisten aansporen om ook op zoek te gaan naar dat organisme dat ze tijdens hun zoektocht niet gevonden hebben. “Dankzij DNA-technieken kunnen we routinematig en betrouwbaar vaststellen welke soorten in watermonsters voorkomen. Zo zetten we onze collectie en kennis in voor waterbeheer, en geven we met elkaar de diagnostiek van waterkwaliteit een belangrijke impuls”, aldus Berry van der Hoorn, programmaleider Natuur van Nederland bij Naturalis.
eDNA
Het project werkt 2 DNA-methodieken nader uit. Enerzijds wordt gewerkt aan een methode waarbij watermonsters worden gehomogeniseerd en onderzocht op al het aanwezige DNA om de daarbij behorende soorten aan te tonen (metabarcoding van bulksamples). Anderzijds wordt gewerkt aan de specifieke opsporing van moeilijk te traceren of zeldzame organismen, zoals de beschermde brede geelgerande watertor. Dit gebeurt met behulp van environmental DNA-technieken (eDNA), waarbij de sporen die dieren en planten achterlaten in het milieu hun aanwezigheid verraden. De eerste testen met de eDNA-methodiek zijn positief. Lees meer over de resultaten op de website van KWR.
